Ο Κανονισμός Οργανωτικής Διάρθρωσης του Ι.Γ.Μ.Ε. βάσει του οποίου το Ι.Γ.Μ.Ε. διαρθρώνεται υπό τον Γενικό Διευθυντή, σε Τομείς, Διευθύνσεις, Περιφερειακές μονάδες, υπηρεσίες και Γραφεία, εγκρίθηκε με την Υπουργική Απόφαση Δ13/Β/Φ9.6.20/4793 (ΦΕΚ 466/Β/2000).

Οι Τομείς συντονίζουν και ελέγχουν τις δραστηριότητες των υπηρεσιακών μονάδων, που υπάγονται σ’ αυτούς.

Στο Γενικό Διευθυντή υπάγονται οι ανεξάρτητες Υπηρεσιακές Μονάδες ενώ λειτουργούν επίσης τα όργανα «Συντονισμού και Ολοκλήρωσης» καθώς και το γραφείο Ποιότητας.